tác giả

Tadashi Ando, Phó giáo sư tại Khoa Điện tử ứng dụng, Khoa Kỹ thuật nâng cao, Đại học Khoa học Tokyo

Koji Tamura, Giáo sư tại Khoa Khoa học và Công nghệ sinh học, Khoa Kỹ thuật Nâng cao, Đại học Khoa học Tokyo

bìa của ấn phẩm

Bìa câu chuyện mô tả

Tiêu đề bài viết

Tóm tắt

Hiện tượng sinh học là các phản ứng hóa học vốn không tĩnh hoặc "chảy" trong tự nhiên Động lực học phân tử (MD) là một kỹ thuật được sử dụng để tính toán các tương tác giữa các nguyên tử và phân tích động lực học và trạng thái năng lượng của các phân tử, nhưng nó không thể xử lý các phản ứng hóa học liên quan đến sự hình thành và phá vỡ liên kết cộng hóa trị Cơ học lượng tử/phương pháp cơ học phân tử (QM/mM) là một giải pháp cho vấn đề này Các mô phỏng MD lấy mẫu ô QM/MM, bao gồm một kỹ thuật lấy mẫu ô có thể tính toán các hồ sơ năng lượng tự do, cho chúng ta một manh mối đáng kể về các trạng thái chuyển tiếp của các phản ứng hóa học và những thay đổi năng lượng tự do của chúng, đó là những điểm then chốt trong việc hiểu bản chất của cuộc sống

Các tác giả đã sử dụng phương pháp này để làm sáng tỏ các cơ chế của aminoacyl hóa chọn lọc của một minihelix RNA, được coi là một dạng tRNA nguyên thủy Lần đầu tiên, mô phỏng lấy mẫu ô QM/MM, lần đầu tiên, đã làm sáng tỏ các cơ chế nguyên tử đầy đủ của quá trình "chảy" của phản ứng và chỉ ra rằng axit amin thuận tay trái (L-ALA) ổn định trạng thái chuyển tiếp hơn so với axit amin tay phải (D-ALA) Các tác giả trình bày ở đây kết quả của ứng dụng này để chứng minh tầm quan trọng của phương pháp QM/mM

Phương pháp QM/mM không chỉ cung cấp manh mối quan trọng cho việc làm sáng tỏ nguồn gốc của tính đồng nhất, trong đó các protein trong các hệ thống sinh học được cấu tạo độc quyền từ các axit amin thuận tay trái, nhưng cũng dự kiến sẽ trở thành một công cụ quan trọng trong phân tích phản ứng sinh học Tạp chí đã chọn bài viết này cho câu chuyện tỷ lệ bóng đá kèo nhà cái bìa của nó với ý nghĩa của những phát hiện của nó

Ngày xuất bản

ngày 2 tháng 12 năm 2024

Liên kết liên quan